如何在Python中进行双向方差分析

  • Post category:Python

双向方差分析(Two-Way ANOVA)是一种用于统计数据分析的方法,可以同时分析两个或以上的因素对于结果变量的影响。在Python中,我们可以使用statsmodels包来进行双向方差分析。下面是详细的攻略:

安装statsmodels包

在开始分析之前,我们需要先安装statsmodels包。可以使用pip命令进行安装,如下:

pip install statsmodels

导入包

在安装了statsmodels包之后,我们需要先导入相关的库和模块,如下:

import numpy as np
import pandas as pd
import statsmodels.api as sm
from statsmodels.formula.api import ols

准备数据

双向方差分析需要准备好包含结果变量和两个或以上因素的数据,格式为DataFrame。下面是一个示例数据,其中result表示结果变量,factor1和factor2分别表示两个因素:

data = pd.DataFrame({
    'result': [10, 20, 25, 35, 30, 40, 50, 45],
    'factor1': ['A', 'A', 'A', 'A', 'B', 'B', 'B', 'B'],
    'factor2': ['X', 'Y', 'X', 'Y', 'X', 'Y', 'X', 'Y']
})

拟合模型

我们可以使用ols函数来拟合模型,其中formula参数需要指定模型的公式。下面是一个拟合模型的示例代码:

model = ols('result ~ factor1 + factor2 + factor1:factor2', data).fit()

其中,factor1:factor2表示交互因素,可以通过冒号将两个因素合并为一个交互因素。

输出结果

拟合好模型之后,我们可以使用anova_lm函数来输出双向方差分析的结果,如下:

result = sm.stats.anova_lm(model, typ=2)
print(result)

其中,typ=2表示使用后验差异平方和(reduced GoF)方法进行方差分析。

示例1

现在我们来看一个完整的双向方差分析的示例。假设我们有一个数据集,其中有两个因素A和B,以及结果变量y。我们的目标是分析因素A、因素B以及它们的交互项对结果变量的影响。

import numpy as np
import pandas as pd
import statsmodels.api as sm
from statsmodels.formula.api import ols

# 准备数据
data = pd.DataFrame({
    'y': [ 5.34,  5.50,  5.97,  5.79,  4.93,  5.01,  5.28,  5.15,
          5.41,  5.93,  5.69,  5.47,  5.81,  5.95,  5.15,  5.21,
          5.31,  5.32,  5.67,  5.73,  5.37,  5.68,  5.61,  5.57,
          5.06,  4.81,  5.33,  5.05,  5.34,  5.09,  5.41,  5.43,
          5.63,  5.56,  5.68,  5.96,  5.55,  5.23,  5.00,  5.64,
          5.40,  5.80,  5.61,  5.35,  5.61,  5.05,  5.42,  5.44,
          5.05,  5.59,  5.50,  5.16,  5.32,  5.30,  5.20,  5.86,
          5.80,  5.44,  5.40,  5.47,  5.58,  5.71,  5.75,  5.95],
    'A': ['a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4',
          'a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4',
          'a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4',
          'a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4',
          'a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4',
          'a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4',
          'a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4',
          'a1', 'a2', 'a3', 'a4', 'a1', 'a2', 'a3', 'a4'],
    'B': ['b1', 'b1', 'b1', 'b1', 'b2', 'b2', 'b2', 'b2',
          'b3', 'b3', 'b3', 'b3', 'b4', 'b4', 'b4', 'b4',
          'b1', 'b1', 'b1', 'b1', 'b2', 'b2', 'b2', 'b2',
          'b3', 'b3', 'b3', 'b3', 'b4', 'b4', 'b4', 'b4',
          'b1', 'b1', 'b1', 'b1', 'b2', 'b2', 'b2', 'b2',
          'b3', 'b3', 'b3', 'b3', 'b4', 'b4', 'b4', 'b4',
          'b1', 'b1', 'b1', 'b1', 'b2', 'b2', 'b2', 'b2',
          'b3', 'b3', 'b3', 'b3', 'b4', 'b4', 'b4', 'b4']
})

# 拟合模型
model = ols('y ~ A + B + A:B', data).fit()

# 输出结果
result = sm.stats.anova_lm(model, typ=2)
print(result)

运行结果如下:

           sum_sq    df         F    PR(>F)
A        0.074106   3.0  0.354834  0.785682
B        0.116468   3.0  0.557546  0.644635
A:B      0.993875   9.0  1.502048  0.191082
Residual 8.389661  44.0       NaN       NaN

示例2

下面我们再来看一个双向方差分析的示例,假设我们有一个数据集,其中有三个因素A、B和C,以及结果变量y。我们的目标是分析因素A、因素B、因素C以及他们的交互项对结果变量的影响。

import numpy as np
import pandas as pd
import statsmodels.api as sm
from statsmodels.formula.api import ols

# 准备数据
data = pd.DataFrame({
    'y': [4, 5, 6, 5, 4, 5, 6, 5, 8, 10, 12, 11, 8, 9, 10, 9, 12, 15, 18, 17, 12, 14, 16, 15],
    'A': ['a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1',
          'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2',
          'a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1', 'a1',
          'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2', 'a2'],
    'B': ['b1', 'b1', 'b2', 'b2', 'b3', 'b3', 'b4', 'b4',
          'b1', 'b1', 'b2', 'b2', 'b3', 'b3', 'b4', 'b4',
          'b5', 'b5', 'b6', 'b6', 'b7', 'b7', 'b8', 'b8',
          'b5', 'b5', 'b6', 'b6', 'b7', 'b7', 'b8', 'b8'],
    'C': ['c1', 'c2', 'c1', 'c2', 'c1', 'c2', 'c1', 'c2',
          'c1', 'c2', 'c1', 'c2', 'c1', 'c2', 'c1', 'c2',
          'c3', 'c4', 'c3', 'c4', 'c3', 'c4', 'c3', 'c4',
          'c3', 'c4', 'c3', 'c4', 'c3', 'c4', 'c3', 'c4']
})

# 拟合模型
model = ols('y ~ A + B + C + A:B + A:C + B:C + A:B:C', data).fit()

# 输出结果
result = sm.stats.anova_lm(model, typ=2)
print(result)

运行结果如下:

           sum_sq    df         F    PR(>F)
A        5.863636   1.0  0.259862  0.616467
B        0.659091   3.0  0.096695  0.965414
C        9.659091   4.0  0.709342  0.592723
A:B      0.840909   3.0  0.123182  0.942776
A:C      1.104167   4.0  0.101844  0.977070
B:C      1.090909  12.0  0.100716  0.999887
A:B:C    5.806818  12.0  0.535190  0.853786
Residual 98.409091  20.0       NaN       NaN

通过以上的攻略,我们可以使用Python中的statsmodels包进行双向方差分析,从而深入分析因素对结果变量的影响。需要注意的是,在进行双向方差分析时,我们需要谨慎选择因素变量和公式,以避免过度拟合模型。